1.不同性质：
共有产权房是地方政府建造的房屋，将部分土地流转收益进行流转，然后以低价分配给符合条件的家庭进行保护。经济适用住房是指根据国家经济适用住房建设计划安排的住房。
2.不同的方式：
共有产权房的担保对象与当地政府签订合同，约定双方的产权份额、保障性住房未来上市交易的条件和收益分配份额。即中低收入住房困难家庭购买房屋时，可以按照个人和政府出资比例共同拥有房屋产权。
保障性住房由国家统一规划。一般实行行政划拨，免收土地出让金，各类核定费用减半征收。售价按照保本微利原则确定。
3.不同功能：
经济适用房是具有社会保障性质的商品房。共有产权房的显著特征在于价格形成机制。共有产权房用地性质由划拨变为出让，完全按照商品房开发，销售价格计算也与商品房相同。
